Основные направления научной деятельности: Исследование биоразнообразия и картирование донных сообществ; мониторинг и оценка воздействия антропогенных и природных факторов на биоту заповедника; изучение биологии редких и исчезающих видов.

Научно-исследовательская деятельность на островах и акватории Морского заповедника началась задолго до его образования. Ученые различных специальностей работали в этих местах не одно десятилетие, поэтому научные программы заповедника базировались на уже выполненных исследованиях и логично продолжали их, хотя и включали заповедную специфику.

Инвентаризация. Первой научной темой стала «Инвентаризация морских и островных экосистем Дальневосточного государственного морского заповедника». За всю историю заповедника подобных учетных работ по различным таксонам — группам растений и животных — было проведено немало, основные из них изучены достаточно хорошо, однако целый ряд групп, преимущественно наземных беспозвоночных, еще ждет дальнейшего изучения, а некоторые вообще пока остались за пределами внимания исследователей. В качестве примера можно привести вездесущих насекомых, которые пока изучены крайне слабо. Поэтому инвентаризационные работы продолжаются, а списки растений и животных уточняются, тем более что каждый год приносит новые открытия. Меняется климат нашей планеты, меняются условия существования и в заповеднике появляются новые виды. Использование новых научных методик приносит новые данные и небольшие, но очень важные открытия.

Следующим важнейшим направлением деятельности Научного отдела является мониторинг. Выяснив, чем располагает заповедник, необходимо понять, какие процессы в нем происходят, какие негативные и позитивные изменения имеют место и чем такие изменения вызваны. Для Морского заповедника наиболее важны несколько разновидностей мониторинга. Прежде всего, мониторинг биоразнообразия, при котором на основании проведенной ранее инвентаризации биоты дается оценка ее нынешнего состояния с точки зрения числа видов. При этом появление новых видов в большинстве случаев рассматривается как позитивное изменение. Следующий вид – мониторинг состояния популяций – дает возможность оценить число особей в популяциях наиболее значимых, интересных или редких видов. Это тоже один из ключевых моментов, позволяющих судить о том, насколько комфортно себя чувствует популяция.

Специфика морского заповедника заставляет проводить постоянный мониторинг сообществ. Прежде всего, с этих позиций изучаются растительные сообщества островов Римского-Корсакова, сообщества литорали (приливно-отливной зоны), мягких грунтов. На очереди – твердые грунты, с которыми уже началась работа: описаны основные типы донных сообществ, доминирующее население и факторы среды, определяющие облик таких сообществ. Хотелось бы специально заметить, что впервые в стране в заповеднике применен метод видеомониторинга с использованием подводных необитаемых аппаратов. Это очень важный факт, так как при таких наблюдениях не происходит изъятия животных из естественной среды и целостность сообществ не нарушается ни в малейшей степени!

Необходимо также подчеркнуть, что мониторинговые наблюдения должны проводиться не только непосредственно в заповеднике. Конечно, зафиксировать изменения на модельном, эталонном полигоне, каковым по своей сути и является заповедник – важнейшая задача. Однако, необходим и сравнительный материал, собранный за пределами заповедника, что поможет понять природу таких изменений: происходят ли они естественным образом или здесь не обошлось без участия человека. В свою очередь такие данные укажут на точки угроз природным сообществам, донным и островным, в других местах залива Петра Великого.

Отследить любые изменения гораздо легче, чем понять их причины. Если же причины поняты, то возможно выработать соответствующие рекомендации, причем не только для конкретной ситуации или ситуаций, с которыми пришлось столкнуться, но и для морского заповедного дела в целом. Здесь значение научного подхода трудно переоценить, тем более что долгие годы исследований позволили получить интереснейшие и разнообразные данные.