Восточный район (45 тысяч гектаров акватории и около 900 гектаров островов и кекуров) – зона строгого заповедного режима. Она охватывает острова Большой Пелис, Стенина, Матвеева, Де-Ливрона, Гильдебрандта, Дурново, островки Максимова, Входные, Астафьева, кекуры Бакланьи, бухты Горшкова, Среднюю, Нерпичью, Астафьева, Спасения и Теляковского. Центральной частью – ядром заповедника – являются острова архипелага Римского-Корсакова. Нахождение в этом районе людей сведено к минимуму. Изъятие каких-либо живых организмов категорически запрещено.

Южный район заповедника (15 тысяч гектаров акватории и около 200 гектаров островов и кекуров) – научно-экспериментальная зона – включает острова Фуругельма и Веры, мыс Островок Фальшивый, несколько групп камней и кекуров (Буй, Михельсона, Бутакова, Гельмерсена), бухты Калевалы, Сивучью, Пемзовую. Здесь проводятся научные исследования и мониторинг, связанные с разработкой основ сохранения и восстановления популяций отдельных видов животных и морских и островных сообществ.

Западный район (3 тысячи гектаров акватории) включает бухты Миноносок и Крейсерок.

Изначально был отведен под выращивание молоди приморского гребешка, в том числе и с целью пополнения природных популяций. Сегодня, когда морским биологическим ресурсам нанесен значительный урон, заповедник может и должен стать источником пополнения естественных донных сообществ и в других районах залива Петра Великого.

Для этой цели заповедником разработан и реализуется модельный проект по устойчивому природопользованию в хозяйствах марикультуры.

Этот проект предусматривает изучение изменений в донных сообществах под воздействием марикультуры, ежегодные мониторинговые наблюдения за природными и высеянными популяциями в заповеднике и за его пределами, сбор личинок приморского гребешка и высев его молоди в естественную среду для пополнения природных популяций.

Северный район (216,3 гектаров территории острова Попова) – просветительская зона, здесь открыты эколого-просветительские учреждения для учебных и туристических групп.

Музей «Природа моря и ее охрана» – единственный в стране островной музей – знакомит посетителей с удивительным миром моря и раскрывает комплекс проблем, связанных с ролью океана в жизни Земли. На о. Попова в проливе Старка расположен Центр экологического просвещения заповедника, а на мысе Ликандера - Островной ботанический сад.

Вокруг заповедной морской акватории располагается охранная зона шириной 3 мили (5,6 км). По побережью, примыкающему к заповедной акватории, ширина охранной зоны – 500 м. Охранная зона имеет особый режим ограниченного природопользования и по согласованию с заповедником, могут проходить организованные группы экологических туристов. В охранной зоне запрещено разжигание костров, въезд автомобильного транспорта, возведение капитальных построек.

Под охраной заповедника находятся 4 памятника природы: «Голубиный Утес», «Сопка «Сюдари», «Участок лагуны «Огородная» и озерцо «Большое круглое», «Острова Верховского и Карамзина».